Le microbiome est défini comme l’ensemble des micro-organisme vivant à la surface et à l’intérieur du corps. Il contient des bactéries mais aussi des virus et des champignons. Aujourd’hui, grâce à l’émergence de nouvelles technologies de pointe et pour trouver des alternatives à l’antibiorésistance, les scientifiques commencent à s’intéresser au virome ou mycobiome, car les virus sont installés dans diverses niches du corps humain comme l’intérieur du nez et la muqueuse intestinale. C’est d’ailleurs dans le virome intestinal que le plus grand nombre d’occupants viraux ont été identifiés. Les scientifiques considèrent que le virome est “la partie la plus grande, la plus diverse et la plus dynamique du microbiome”, et la plupart des virus présents dans notre intestin sont des bactériophages. Là où il y a des bactéries, il y a des bactériophages. Ces derniers infectent les bactéries et utilisent leur machinerie cellulaire pour répliquer leur matériel génétique.
Des années 1920 aux années 1950, les scientifiques ont essayé de comprendre si les bactériophages, capable de détruire les agents pathogènes humains, pouvaient également traiter les infections bactériennes. Ils ont alors découvert que la thérapie par bactériophages était efficace et sans effets secondaires. Puis, quand les antibiotiques sont arrivés, cette technique est passée au second plan. Mais désormais avec l’émergence grandissante de l’antibiorésistance à échelle mondiale, les chercheurs cherchent des alternatives et s’intéressent à nouveau à la phagothérapie.
Elle les intéresse surtout par sa spécificité. Car, alors que les antibiotiques éliminent un large spectre d’espèces bactériennes dont certaines sont “bonnes”, les bactériophages, eux, ne ciblent qu’une étroite gamme de souche au sein d’une même espèce bactérienne. Ils n’attaquent que la bactérie voulue et continuent à se répliquer jusqu’à avoir éradiqué l’infection. A contrario, il arrive que les bactériophages soient bénéfiques pour des populations de bactéries.
Quel est le rôle des bactériophages dans les maladies intestinales?
Quand un phage devient actif, il peut anéantir les communautés de bactéries, ce qui permet potentiellement aux mauvaise bactéries de combler le vide et peut entraîner un déséquilibre microbien. A cela peut s’associer des conditions comme les maladies inflammatoires de l’intestin, la colite, l’obésité, ou encore le syndrome de fatigue chronique.
Cependant, les chercheurs ne sont pas sûrs que les bactériophages en soient responsables, car s’ils entraînent des changements dans l’intestin, ces derniers ne sont pas toujours à l’origine de la maladie. En effet, les bactériophages pourraient au contraire être modifiés de façon passive par les changements des bactéries intestinales.
Jusqu’à présent, les scientifiques n’arrivaient pas à étudier le virome car les virus ne possèdent aucun gène équivalent entre les espèces. Mais désormais, les progrès faits dans le séquençage de la prochaine génération permettent des avancées. Si on en sait toujours moins sur le rôle des virus dans la santé que dans la maladie, il semble fort probable qu’ils jouent également un rôle dans un corps sain. Bien que les virus soient surtout connus pour causer des maladies, certains d'entre eux n'ont aucun intérêt pour les cellules humaines.
La consommation mondiale d’antibiotiques a explosé en quinze ans
Mais étant donné l’inquiétude la communauté internationale face à l’antibiorésistance, le regain d’intérêt pour le bactériophage poussera sans doute davantage de chercheurs à s’intéresser au sujet, tt force est de reconnaître que face à la complexité de la composition du microbiome, la tâche s’annonce ardue. “La composition du microbiome intestinal n'est pas la même durant les différentes étapes de la vie, ou même durant les heures d'une même journée”, expliquent les scientifiques. Et bien entendu, chaque individu a un microbiome, des bactéries et des bactériophages qui lui sont propres.
Entre 2000 et 2015, la consommation d’antibiotiques mondiale est passée de 21,1 milliards de doses quotidiennes à 34,8 milliards, soit une augmentation de 65%. Toutefois, seuls les pays ayant un revenu intermédiaire ou faible (LMIC) ont fortement augmenté leur consommation d’antibiotiques (+114% en 16 ans). Le recours aux antibiotiques a par exemple augmenté de 50% en Inde, de 79% en Chine et de 65% au Pakistan. Grâce aux campagnes de sensibilisation, elle est en revanche relativement faible (+ 6%) chez les pays à haut revenu (HIC). En France, elle a légèrement diminué ces dernières années, surtout chez les jeunes, d'après un récent rapport de Santé publique France. L’Hexagone reste toutefois assez mauvais élève puisqu’elle reste le troisième pays d’Europe le moins performant en la matière derrière la Grèce et Chypre.