Est-il possible de remonter le temps pour mieux comprendre notre évolution ainsi que celui des maladies ? Assurément selon des chercheurs de Cambridge (Royaume-Uni) et de l'Institut Max Planck (Allemagne). Dans leur étude, publiée dans le Royal society biological sciences le 5 octobre, ces scientifiques jettent les bases d'une archéologie de notre microbiome et assurent qu'il est possible de retrouver les traces de ces bactéries ou parasites ancestraux. Un enjeu essentiel selon eux pour mieux comprendre nos maux modernes. “Si nous voulons déterminer ce qui constitue un microbiome sain pour les gens modernes, nous devrions commencer à examiner les microbiomes de nos ancêtres qui vivaient avant l'utilisation d'antibiotiques, la restauration rapide et les autres pièges de l'industrialisation" explique Piers Mitchell, directeur du laboratoire “anciens parasites” de l'université de Cambridge.
Retrouver les traces de ces êtres minuscules n'allait pas de soi. “Au départ, nous ne savions pas si les signatures moléculaires du contenu intestinal survivraient dans les latrines pendant des centaines d'années, se rappelle Kirsten, Bos co-responsable de l'étude et chef du groupe de recherche de paléontologie moléculaire à l'Institut Max Planck pour les sciences de l'histoire humaine. Nos succès dans la recherche bactérienne ancienne provenaient jusqu'à présent souvent de tissus calcifiés comme les os et le tartre dentaire, qui offrent des conditions de conservation très particulières." À cela s'ajoute une autre difficulté de conservation. “L'analyse microscopique peut montrer les œufs de vers parasites qui vivaient dans les intestins, mais de nombreux microbes dans l'intestin sont tout simplement trop petits pour être vus”, commente Piers Mitchell.
La santé de nos prédécesseurs médiévaux
Loin de baisser les bras, les chercheurs ont examiné des sédiments de latrines médiévales de Jérusalem (Israël) et de Riga (Lettonie), datant du XIVe au XVe siècle de notre ère. Dès lors, les scientifiques ont répertorié de nombreuses bactéries, archées, protozoaires, vers, parasites, champignons et autres organismes, dont ils ont dû par la suite exclure les microorganismes provenant des archéologues modernes travaillant du le chantier de fouilles. Par bonheur, ces composants de microbiome ont parlé. "La combinaison des preuves de la microscopie optique et de l'analyse de l'ADN ancien nous permet d'identifier l'étonnante variété d'organismes présents dans les intestins de nos ancêtres qui ont vécu il y a des siècles", assure Piers Mitchell.
Une richesse inestimable pour mieux comprendre une époque. “Ces latrines nous ont donné des informations beaucoup plus représentatives et larges sur la population préindustrielle de ces régions qu'un échantillon fécal individuel ne l'aurait fait”, assure-t-il. Rapidement ces données ont été comparées à d'autres microbiomes actuels. “Nous avons constaté que les microbiomes médiévaux de Jérusalem et de Riga ont des caractéristiques communes : ils ressemblent aux microbiomes modernes de chasseurs-cueilleurs ainsi que ceux industriels modernes, cependant ils sont suffisamment différents pour former leur propre groupe", analyse Susanna Sabin, autrice principale de l'étude et ancienne doctorante de l'Institut Max Planck.
Difficile d'en dire plus pour l'instant. “Nous aurons besoin de nombreuses autres études sur d'autres sites archéologiques et périodes de temps pour comprendre pleinement comment le microbiome a changé dans les groupes humains au fil du temps, estime Kirsten Bos. Cependant, nous avons franchi une étape clé en montrant que la récupération d'ADN d'anciens contenus intestinaux des latrines passées peut fonctionner.” Comparer un microbiome médiéval à un moderne permettrait de faire davantage abstraction des conséquences de l'industrialisation de nos sociétés comme la prolifération de plastiques, de pesticides ou d'autres polluants. Atténuer les conséquences de l'industrialisation moderne sur nos organismes permettrait de mieux en mesurer l'influence. De nombreuses études pointent du doigt notre vie moderne qui bouleverserait notre microbiome et favoriserait de “nouvelles maladies” comme l'obésité, les allergies ou l'inflammation chronique de l'intestin.