Le SARS-CoV-2 semble avoir le goût de se travestir ! Après ses évolutions en variants portant chacun le nom du pays dans lequel il est apparu sous un nouveau visage, il vient d'être repéré au Royaume-Uni et en Californie sous la forme inédite d'un hybride composé par la recombinaison entre deux souches différentes. C'est à dire que les génomes de ces deux lignées du SARS-CoV-2 sont parvenus à se mélanger en apportant une plus grande diversité génétique au virus. C'est le magazine New Scientist qui rapporte cette découverte présentée lors d'une récente conférence de l'Académie des Sciences de New-York.
Un hybride, mélange de deux variants
Concrètement, de quoi s'agit-il et qu'est-ce que cela change ? Selon New Scientist, cet hybride serait un mélange de deux variants apparus l'un au Royaume-Uni à la fin de 2020 et l'autre au sud de la Californie. Il a été identifié dans un prélèvement réalisé lors d'une enquête sur une flambée de cas de Covid-129 à Los Angeles sur une personne infectée. Ce qui signifie que la recombinaison des génomes des deux variants a pu se faire soit chez le porteur, soit lors de l'analyse en laboratoire de ce prélèvement. Par conséquent, impossible de savoir aujourd'hui s'il a pu être transmis et s'il peut continuer à se diffuser. Dans le cas où cet hybride se serait constitué chez le patient, il est possible que cela soit le résultat d'une infection simultanée de ce dernier par les deux variants à l'origine de la recombinaison.
Un impact sur l'évolution de l'épidémie
Si ce virus recombiné a pu être transmis à d'autres personnes infectées, cela peut avoir un impact sur l'évolution de l'épidémie. D'abord parce qu'il est issu de deux variants qui portent l'un la caractéristique d'être plus transmissible et l'autre celle d'être plus résistants aux anticorps. On imagine alors que la combinaison des deux pourrait produire de terribles effets ! Par ailleurs, que la recombinaison se soit produite in vivo ou en laboratoire, cette capacité démontrée de deux variants apparentés à mélanger leurs génomes laisse penser que la même recombinaison pourrait se produire entre le SARS-CoV-2 et d'autres coronavirus, par exemple celui responsable du rhume. Dans un tel cas, l'évolution de l'épidémie pourrait devenir imprévisible !
"Nous devons ajouter ce genre d'événement à notre liste de soucis ! Au fur et à mesure que des variants génétiquement distincts du SARS-CoV-2 émergent et commencent à circuler dans les mêmes zones géographiques, les risques de recombinants méchants augmentent. Celui-ci peut aller nulle part, mais il peut aussi annoncer une nouvelle phase de la pandémie avec des recombinants émergeant partout", a reconnu Bette Korber du laboratoire national de Los Alamos lors d'une conférence sur l'épidémie de Covid-19 organisée à Los Angeles.