Les traces du SARS-CoV-2 dans les eaux usées offrent depuis le début de l’épidémie, un bon indicateur pour mesurer la circulation du virus. “Depuis plus d’un an, on a mis plus de 150 stations d’épuration sous surveillance, avance Vincent Maréchal, professeur de virologie à l’université de la Sorbonne et co-fondateur de l'Observatoire épidémiologique dans les eaux usées (Obépine). On quantifie la présence du génome virale dans les eaux usées. Chez les personnes symptomatiques et asymptomatiques, le virus se trouve dans le tube digestif avant d’aller dans les selles. Donc en suivant les stations d’épuration, on a une idée de la circulation du virus.”
Une rupture de pente mais des niveaux qui restent élevés
Les derniers relevés se révèlent globalement encourageants. En Île-de-France, la tendance est à la diminution de la circulation du virus. “Sur les six stations d’épuration de la Région, on observe un changement de tendance, dévoile Vincent Maréchal. Sur trois de ces stations, qui sont indépendantes les unes des autres, on constate une rupture de pente depuis la semaine du 22 mars. Ce n’est que le début mais les prochains prélèvements devraient confirmer cette tendance.” Ces signaux, ajoute-t-il, sont assez bien corrélés aux données épidémiologiques des dernières semaines.
S’il y a bien une tendance à la baisse, les niveaux de circulation restent très élevés, “de l’ordre du pic observé lors de la deuxième vague pendant les mois d’octobre et novembre”, précise le professeur. Une dynamique qui s’observe dans d’autres endroits en France, notamment dans le Nord. “On voit que sur Lille et Dunkerque, il y a là aussi une rupture de pente et les augmentations se sont arrêtées depuis le 1er avril, détaille Vincent Maréchal. À Nice ou Cannes, la situation s’améliore également. Dans l’Est de la France, les niveaux demeurent très élevés mais se sont stabilisés.” Du côté de Marseille et d’Aix-en-Provence, par contre, la circulation du virus semble s’intensifier. Sur le site Obépine, qui rend ses données accessibles au public, on observe des niveaux plus faibles dans l’Ouest du pays.
Le virus présent dans les eaux usées 5 à 7 jours après l'infection
Pour expliquer les raisons de cette tendance, le professeur en virologie pointe plusieurs facteurs. “Il y a d’abord les effets des mesures qui ont été prises, note-t-il. En fonction de leur intensité, les résultats sont plus ou moins forts.” Ensuite, il se tourne vers les effets psychologiques des annonces. “Quand un territoire est désigné comme problématique, il y a sans doute une prise de conscience de mieux appliquer les gestes barrières”, propose-t-il.
Ces résultats permettent d’avoir un état des lieux proche de la réalité de circulation du virus. “En Île-de-France, on avait détecté la deuxième vague dès la fin juin 2020, avant les autres indicateurs épidémiologiques”, affirme Vincent Maréchal. Il estime, en se basant sur les études menées sur le sujet, que la détection du virus dans les eaux usées apparaît entre 5 et 7 jours après qu’une personne ait été infectée. “Obépine reste un outil de recherche donc il peut être imparfait”, tempère-t-il. Les résultats sont pris très au sérieux par le gouvernement et les autorités de santé avec lesquels il partage les données collectées avant de les rendre publiques sur son site internet.