Vous faites partie des 130 millions d’adeptes de Candy Crush, le jeu en ligne phénomène du moment ? Oubliez ces alignements de bonbons accusés de vous rendre dépendants, la science a besoin de vous pour décrypter le génome ! Phylo est un jeu de briques, mi Rubik’s cube mi Tetris, conçu en 2010 par des chercheurs en bioinformatique de l’Université McGill à Montréal, qui viennent de l'ouvrir aux scientifiques du monde entier.
Aucune compétence en génétique n’est requise pour jouer, il s’agit d’assembler des carrés d’une même couleur pour reproduire un alignement. « Mais ces alignements de carrés colorés correspondent en fait à une représentation ludique des séquences d’ADN de différentes espèces. Phylo reproduit sous forme de jeu ce qu’on appelle dans les laboratoires l’alignement multiple des séquences, la base de la génomique comparative », explique Jérôme Waldispühl, l’un des créateurs de Phylo.
En progressant dans le jeu, les participants permettent d’identifier les motifs conservés d’une espèce à l’autre, ce qui est un signe de leur importance dans les organismes et les anomalies, autrement dit les racines génétiques de pathologies comme le diabète, les cancers ou encore la maladie d’Alzheimer.
Ecoutez Jérôme Waldispühl, bioinformaticien à l’Université Mc Gill à Montréal et co-concepteur du jeu Phylo : « Le joueur se distrait mais ce n’est pas du temps perdu et à la fin de sa partie, on lui dit sur quel gène relié à quelle pathologie il a permis d’avancer. »
Le cerveau humain plus performant que l'ordinateur
Pourquoi ne pas demander à des ordinateurs ce travail d’identification ? Tout simplement parce que « le cerveau humain est beaucoup plus performant que l’ordinateur lorsqu’il s’agit de reconnaissance visuelle des formes et de géométrie. Faire faire un puzzle à un ordinateur, c’est extrêmement compliqué », souligne Olivier Mauco, consultant et concepteur de serious games à Paris. « Les algorithmes utilisés par les ordinateurs pour traiter ces alignements multiples de séquences sont trop complexes et trop longs. Pour que le délai de réponse soit compatible avec la recherche au quotidien, on est obligé de perdre en précision », explique Jérôme Waldispülh. Mais c’est là que les joueurs de Phylo interviennent, l’alignement approximativement identifié par informatique leur est soumis pour qu’ils l’améliorent.
Ecoutez Jérôme Waldispühl : « Contrairement à un algorithme, l’humain est capable de contourner la règle du jeu pour arriver à améliorer l’alignement. »
« Quand vous jouez, vous cherchez à comprendre comment faire le meilleur score. C’est l’un des atouts majeurs de ces scientific discovery games. Par le jeu, ils libèrent et décuplent l’intuition qui finit par faire défaut quand la recherche est standardisée dans ses protocoles », analyse Olivier Mauco. « Cet apport de l’intuition externe, la façon dont l’humain comprend progressivement quelle est la meilleure façon de jouer et arrange le résultat de l’ordinateur est tout l’objet de mes recherches actuelles », poursuit Jérôme Wadispülh.
Un outil pour aider les chercheurs du monde entier
Mais les chercheurs de McGill ne gardent pas pour eux seuls les contributions des joueurs de Phylo. Depuis 2 jours, la plateforme est ouverte aux chercheurs du monde entier s’ils ont besoin d’aide pour améliorer le décryptage d’une séquence d’ADN sur laquelle ils travaillent. « C’était notre ambition depuis le début, faire le lien entre la communauté scientifique et le grand public par le jeu », résume le concepteur de Phylo.
Ecoutez Jérôme Waldispühl : « N’importe quel chercheur dans le monde peut proposer un puzzle aux joueurs pour leur demander d’en améliorer l’alignement. »
En France, hormis au Centre de recherche interdisciplinaire dirigé par François Taddéi à l’Université Paris Descartes qui leur a consacré un colloque l'année dernière, ce type de jeu n’est pas encore vraiment pris au sérieux dans la recherche française. Mais les résultats commencent à apparaître. Grâce au précurseur de Phylo, le jeu Foldit qui consiste à assembler en 3D une protéine, la structure d’une enzyme du virus du sida chez le singe a été décryptée en moins de 15 jours alors qu’elle résistait aux chercheurs depuis près de 15 ans. Même la prestigieuse revue scientifique Nature a reconnu la contribution des joueurs. En septembre 2011, lorsque l’article dévoilant cette enzyme a été publié, deux collectifs de joueurs de Foldit figuraient parmi les auteurs de la publication.
