C’est une découverte inattendue. Des chercheurs de l’université de Stanford ont identifié un nouveau type d’agents infectieux présents dans le microbiome de la bouche et des intestins. Proches mais différents des virus, ces organismes vivants ont été nommés "obélisques". Dans la revue spécialisée bioRvix, les scientifiques en disent davantage sur leur identification.
Microbiome : des agents infectieux inclassables
"Les obélisques comprennent une classe d'ARN divers qui ont colonisé et sont passés inaperçus dans les microbiomes humains", écrivent les chercheurs dans leur article scientifique, qui n’a pas encore été revu par les pairs. Le nom de ces nouveaux agents provient de leur forme, marquée par des structures hautement symétriques en forme de bâtonnet formées par les longueurs torsadées d’ARN. "Les séquences génétiques des obélisques ne comptent qu'environ 1.000 caractères (nucléotides), développent les auteurs de l’étude. En fait, cette brièveté est probablement l’une des raisons pour lesquelles nous ne les avons pas remarqués auparavant." Ces fragments de matériel génétique n’ont aucune similitude structurelle avec d’autres agents biologiques connus. Pour les auteurs de l’étude, dirigée par Ivan Zheludev, biologiste à l'Université de Stanford, cette découverte pourrait aider à "combler le fossé ancien entre les molécules génétiques les plus simples et les virus plus complexes".
Des obélisques présents dans le microbiome buccal et intestinal
L’équipe a travaillé sur plus de 5 millions de séquences génétiques : cela lui a permis d’identifier environ 30.000 obélisques différents. Dans un ensemble spécifique de données, des obélisques sont apparus dans 50 % des échantillons oraux des patients et dans 7 % des échantillons intestinaux. Les chercheurs ont réussi à isoler un type de cellule hôte du microbiome humain, la bactérie Streptococcus sanguinis, un microbe buccal humain commun. "Bien que nous ne connaissions pas les 'hôtes' des autres obélisques, écrivent les chercheurs américains. Il est raisonnable de supposer qu'au moins une fraction peut être présente dans les bactéries."
"Ils sont beaucoup plus gros que d’autres molécules génétiques qui coexistent à l’intérieur des cellules"
Ils observent que plus de la moitié du matériel génétique de ces obélisques renferme des instructions pour construire des protéines, appelées Oblins. "Cette capacité à coder des protéines les rend différents des autres boucles d'ARN connues appelées viroïdes, mais ils ne semblent pas non plus avoir les gènes nécessaires pour fabriquer les coques protéiques dans lesquelles vivent les virus à ARN (y compris la Covid-19) lorsqu'ils sont à l'extérieur des cellules, détaillent les auteurs. Ils sont également beaucoup plus gros que d’autres molécules génétiques qui coexistent à l’intérieur des cellules, des plantes aux bactéries, appelées plasmides, qui sont plus communément composées d’ADN." Pour le moment, les chercheurs ne savent pas quel est l’impact des obélisques sur les hôtes bactériens, ni comment ils pourraient se propager entre les cellules. De futures recherches permettront d’en savoir plus sur ces nouveaux agents mystérieux.