Le SARS-CoV-2 fait partie de la famille des coronavirus, des virus qui peuvent parfois infecter les humains. Le virus du Covid-19 a connu de nombreuses modifications de son génome, ce qui a provoqué l'apparition de variants, classés comme préoccupants et à suivre. Pour surveiller l’émergence soudaine d’agents pathogènes menaçants, des virologues du Centre allemand de recherche sur le cancer (DKFZ) ont mis au point une méthode d’analyse assistée par ordinateur.
L’identification de 40 nidovirus inconnus
Dans le cadre de cette recherche parue dans Plots Pathogens, les scientifiques ont étudié près de 300.000 ensembles de données à l’aide d’ordinateurs très performants. Ils ont observé des animaux infectés par des virus, afin d'obtenir et d'étudier le matériel génétique viral à grande échelle. Ils se sont principalement concentrés sur les nidovirus, qui font partie de la famille des coronavirus. "Grâce à une nouvelle méthode d'analyse assistée par ordinateur, nous avons découvert 40 nidovirus inconnus jusqu'alors chez divers vertébrés, des poissons aux rongeurs, dont 13 coronavirus", a décrit Stefan Seitz, chef de groupe au DKFZ.
Un procédé informatique capable de déterminer des variants de virus
Lors de ces travaux, les chercheurs ont constaté qu’une recombinaison des gènes viraux peut se produire lors de la réplication du virus chez les animaux hôtes infectés par différents agents pathogènes. Les nidovirus identifiés chez les poissons échangeraient fréquemment du matériel génétique entre différentes espèces de virus. "Et lorsque des parents éloignés se "croisent", cela peut conduire à l'émergence de virus aux propriétés totalement nouvelles (…) un échange génétique, tel que nous l'avons constaté chez les virus de poissons, se produira probablement aussi chez les virus de mammifères. Les chauves-souris, qui, comme les musaraignes, sont souvent infectées par un grand nombre de virus différents, sont considérées comme un véritable creuset. Le coronavirus SARS-CoV-2 s'est probablement développé chez les chauves-souris et est passé de là à l’Homme", a expliqué Stefan Seitz.
Avec le développement de ce nouveau procédé informatique, les scientifiques sont donc en mesure d’identifier des variants de virus potentiellement dangereux pour l’humain. Cette avancée pourrait contribuer à prévenir la propagation de nouveaux agents pathogènes.