Le génome du virus chikungunya, qui touche les Antilles et la Guyane depuis début décembre, vient d'être séquencé. Cette découverte a été faite par une équipe marseillaise associant l'Institut de recherche biomédicale des armées (IRBA), l'Institut de recherche pour le développement (IRD) et Aix-Marseille Université. Selon ces chercheurs, ce virus chikungunya proviendrait d'une souche de génotype asiatique, donc différente de celle qui a provoqué l'épidémie de 2006 à l'île de la Réunion et qui s’est ensuite diffusée dans l’ensemble de l'océan Indien.
Le communiqué de presse de l'IRD précise que le séquençage a été effectué « à partir d'échantillons cliniques, puis le virus a été isolé en culture cellulaire ».
« La situation est potentiellement explosive avec une souche (du virus chikungunya, ndlr) bien adaptée » au moustique de l'espèce Aedes aegypti qui est très répandu sur le continent américain, a déclaré à l'Agence France Presse le Pr Xavier de Lamballerie, directeur de l'unité Emergence des pathologies virales à l'université d'Aix-Marseille. « Il existe un risque extrêmement élevé que la souche envahisse les Etats-Unis et différents pays des Amériques où ce vecteur est endémique », affirme-t-il. Un premier cas de chikungunya en Guyane annoncé en début de semaine a suivi la confirmation de deux cas autochtones de chikungunya en Martinique. Et « l’épidémie de chikungunya poursuit sa progression sur l’île de Saint Martin », dans les Caraïbes, comme le note l'Institut de Veille Sanitaire (InVS), où deux premières infections avaient été détectées en décembre par le Centre national de référence des arbovirus (IRBA) de Marseille. D'autres infections sont en attente de confirmation sur les îles de la Guadeloupe et de Saint-Barthélemy, a annoncé dans un communiqué commun Aix-Marseille Université et l'Institut de recherche pour le développement (IRD).
Ce virus transmis par le moustique du genre Aedes provoque principalement une fièvre élevée, ainsi que des douleurs musculaires et articulaires, souvent invalidantes, entre 5 à 7 jours après la piqûre.