Bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes… Le microbiote intestinal humain est constitué de milliers d’espèces de micro-organismes, selon l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm). Certains sont bénéfiques, mais d’autres peuvent être pathogènes pour l’Homme.
Manger des fibres pour favoriser la croissance des bonnes bactéries
Dans une nouvelle étude publiée dans la revue Nature Microbiology, des scientifiques ont analysé - grâce à l’intelligence artificielle - la composition du microbiome intestinal de plus de 12.000 personnes vivant dans 45 pays, à partir de leurs échantillons de selles.
Ainsi, ils ont découvert que la “signature” du microbiome (les données génétiques du microbiote) d’une personne pouvait prédire le risque que son intestin soit colonisé par des entérobactéries. Selon le Larousse, cette famille de bactéries regroupe une vingtaine de genres différents. Parmi celles-ci, il y a notamment Klebsiella pneumoniae, Shigella et E.coli, des bactéries qui peuvent être pathogènes pour l’Homme. Autrement dit, il y a une signature pour les personnes les moins et les plus à risque d’infections.
Pour les premiers, les scientifiques ont identifié 135 espèces de micro-organismes intestinaux présentes chez les personnes qui n’avaient pas d’entérobactéries. Ce qui signifie que leur microbiote les protégeait contre les infections. Ils ont en commun certaines espèces “protectrices”, comme la bactérie Faecalibacterium. Celle-ci produit des acides gras à chaîne courte (qui sont bénéfiques) en décomposant les fibres des aliments que nous mangeons. Selon les auteurs, l’apport de fibres, via l’alimentation, favorisait la croissance des bonnes bactéries dans le microbiote et limiterait le risque d’infections. En revanche, la prise de probiotiques n’a pas d’effet sur ce risque.
“Nos résultats suggèrent que ce que nous mangeons est potentiellement très important pour contrôler la probabilité d’infection par [diverses] bactéries, notamment E.coli et Klebsiella pneumoniae, car cela modifie notre environnement intestinal pour le rendre plus hostile aux envahisseurs, souligne le Dr Alexandre Almeida, principal auteur de l’étude, dans un communiqué. En mangeant des fibres dans des aliments comme les légumes, les haricots et les céréales complètes, nous pouvons fournir la matière première à nos bactéries intestinales pour produire des acides gras à chaîne courte, des composés qui peuvent nous protéger de ces bactéries pathogènes”.
Cette étude est importante dans un contexte mondial où l’antibiorésistance augmente et où, de fait, la possibilité de traiter les infections diminue. “Désormais, la meilleure approche consiste d’abord à prévenir les infections, et nous pouvons y parvenir en réduisant les possibilités pour ces bactéries pathogènes de se développer dans notre intestin”, explique le Dr Alexandre Almeida.
Bonnes et mauvaises bactéries se nourrissent des mêmes nutriments
En revanche, les scientifiques ont identifié 172 espèces de micro-organismes intestinaux caractéristiques des microbiotes où les entérobactéries pathogènes pouvaient vivre. De plus, ils ont observé que ces mauvaises bactéries avaient besoin des mêmes nutriments pour survivre que les bonnes. C’est pour cette raison qu’ils estiment que la prise de probiotiques ne réduit pas nécessairement le nombre d’entérobactéries présentes dans l’intestin, puisqu’ils les nourrissent aussi.
Il reste encore beaucoup de recherches à mener pour comprendre tous les secrets du microbiote. Mais le message essentiel de cette étude est de manger des fibres le plus souvent possible. L’idéal, selon le site mangerbouger.fr, est de consommer au moins 5 fruits et légumes par jour.