Un projet de rénovation urbaine à Namur en Belgique a fortuitement permis de mettre au jour des latrines datant du 14e siècle et contenant encore des matières fécales fossilisées. En analysant ces fossiles, une équipe de chercheurs de l’Université d’Aix-Marseille, qui doit publier prochainement ses travaux dans la revue spécialisée Applied and Environmental Microbiology, y a identifié des bactéries très fréquemment présentes dans les intestins et des phages, les virus spécifiques des bactéries.
Des gènes de résistance présents depuis le Moyen-Age
Ces phages du 14e siècle étaient différents de ceux actuellement observables dans les selles humaines mais leurs fonctions semblent avoir été conservées dans l’évolution malgré les changements d’environnement et d’alimentation. C’est le cas notamment de la résistance aux antibiotiques. Les chercheurs ont pu observé par séquençage du génome des phages qu’ils contenaient des gènes de résistance aux toxines et aux antibiotiques. « Nos résultats démontrent que les bactériophages représentent un ancien réservoir de gènes de résistance et cela depuis bien avant le Moyen-Age », souligne Christelle Desnues, l’une des auteurs de l’étude.
Comment expliquer que les gènes de résistance soient apparus bien avant 1928 et la découverte de la pénicilline par le britannique Alexander Flemming ? « Tout simplement parce que les antibiotiques et les toxines étaient naturellement déjà présents dans la nature. Les gènes de résistance des phages devaient probablement permettre aux bactéries intestinales de s’en protéger », explique la microbiologiste.
Les chercheurs se sont pour le moment concentrés sur la partie virale des coprolites, c’est-à-dire des matières fécales fossiles. Mais ils prévoient également d’étudier les champignons et parasites présents, ce qui pourrait, selon les auteurs, intéresser aussi bien les microbiologistes que les historiens et les anthropologues.