Le traitement est urgent. Il est adapté à chaque malade en fonction de la gravité clinique et sera toujours débuté à l’hôpital.
Il fait appel à un apport en oxygène (« oxygénothérapie ») et surtout à un traitement anticoagulant qui doit être débuté en urgence.
Celui-ci peut faire appel à différents médicaments anticoagulants, soit par voie injectable (héparines), soit par voie orale (anti-vitamines K et anticoagulants oraux directs).
Dans certains cas, il est nécessaire d’envisager un traitement visant à dissoudre les caillots (« thrombolyse »), à les retirer chirurgicalement (« thrombectomie » ou « embolectomie ») sous circulation extracorporelle.
Dans certains cas, la mise en place d’un dispositif permettant une interruption partielle ou totale de la veine cave inférieure peut être envisagée.
Le traitement anticoagulant par héparine non fractionnée, relayé par les anticoagulants oraux demeure la règle.
Les héparines de bas poids moléculaire ont été démontrées aussi efficaces et probablement plus sures que l'héparine non fractionnée (fréquence des complications hémorragiques et fréquence de la thrombopénie induite) dans la thrombose veineuse profonde.
En l'absence de thrombopénie à l'héparine, le relais par les anti-vitamines K ou anticoagulants directs est réalisé dès le 5ème jour. En cas de faible gravité, le traitement ambulatoire de l’embolie pulmonaire peut désormais être envisagé avec les anticoagulants oraux directs.
Le maintien du traitement anticoagulant anti-vitamine K ou anticoagulant direct est variable en fonction de la cause de l’embolie pulmonaire. Il est généralement maintenu de 3 à 6 mois. Il peut être définitif si la cause de la thrombose veineuse persiste.
Le pronostic immédiat de ces embolies pulmonaires a été transformé par le traitement thrombolytique qui permet une restauration rapide de la circulation du sang dans le poumon. Il est ajouté au traitement anticoagulant par anti-vitamine K ou anticoagulant direct.
Le traitement chirurgical est désormais rarement nécessaire. Il n'est appliqué qu'en cas d'embolie pulmonaire menaçant le pronostic vital chez un malade ayant une contre-indication formelle à l'usage des thrombolytiques ou il pourra se discuter lorsque les thrombolytiques auront fait la preuve de leur inefficacité.
Cependant, il n'est pas établi que le traitement thrombolytique modifie le pronostic vital faute d'étude scientifique valide contre héparine. On admet cependant qu'il est indiqué en cas de perturbations cliniques et hémodynamiques sérieuses.
Le maintien du traitement anticoagulant anti-vitamine K ou anticoagulant direct est variable en fonction de la cause de l’embolie pulmonaire.