Une fois le diagnostic effectué par le médecin, celui-ci prescrira un traitement local, dit « antifongique », puisqu'il va lutter contre le champignon responsable de l'infection. Il se présente sous forme de lotion ou d'un gel à appliquer à l'intérieur de la bouche du bébé plusieurs fois par jour pendant une à trois semaines.
Même si l'amélioration peut se voir en quelques jours de traitement, il est très important d'effectuer le traitement jusqu'à la fin de la durée prescrite pour éviter les récidives.
En cas d'allaitement, si la mère a des problèmes au niveau des mamelons des seins, elle doit également consulter. Si une mycose locale est diagnostiquée, elle devra être traitée afin d'éviter de retransmettre l'infection au nourrisson après sa guérison.
Peu de risques existent pour ce traitement. Il est la plupart du temps bien toléré par les nourrissons. Comme tout médicament, il existe un risque d'allergie au produit. Parfois, il peut également provoquer des troubles digestifs tels que des diarrhées ou des nausées. La forme en gel est contre-indiquée chez les nourrissons de moins de 6 mois, car il existe un risque de suffocation, étant donné que leur réflexe de déglutition n'est pas encore suffisamment développé.