La pyélonéphrite se développe le plus souvent à la suite d'une infection de la vessie, cystite, non ou mal traitée. La prévention de la pyélonéphrite passe tout d'abord par la prévention de la cystite. Pour cela, les précautions à prendre sont : boire beaucoup d'eau (1,5 litre minimum par jour) afin de bien laver la vessie et éviter le développement des bactéries, s'essuyer d'avant en arrière après être allé faire pipi pour éviter de ramener les bactéries de l'anus vers l'urètre, uriner systématiquement après les rapports sexuels, lutter contre la constipation en mangeant des aliments riches en fibres. La consommation de jus de canneberge permettrait de diminuer les risques d'infection urinaire à répétition en empêchant les bactéries de se fixer à la vessie, mais les preuves sont ténues, voire remises en cause. Cependant aucune étude n'a encore permis de démontrer l'efficacité réelle.
En cas d'infection de la vessie, pour éviter le développement d'une pyélonéphrite, il faut consulter rapidement un médecin afin qu'il prescrive un traitement antibiotique adapté (le plus souvent il s'agit d'un sachet à prendre une seule fois).