Plusieurs méthodes diagnostiques peuvent être mises en œuvre dans ces infections virales.
Le virus peut également être isolé à partir du sang au cours des tous premiers jours de l'infection (jusqu’au 7ème jour).
Des tests sérologiques, tels que les tests immuno-enzymatiques simples (ELISA), permettent de confirmer la présence d'anticorps anti-Chikungunya IgM (infection récente à partir du 4ème jour) et IgG (infection plus ancienne à partir du 7ème jour et maximale au 15ème jour). Les IgM finissent par disparaître au bout de 40 jours alors que les IgG persistent.
Diverses techniques d'amplification génique transcriptase-inverse (RT-PCR) sont disponibles dès le 1er jour de l’infection, mais leur sensibilité est variable.
La prise en charge médicale à la phase aiguë est purement symptomatique, reposant sur du paracétamol en cas de fièvre et, en cas de douleurs articulaires intenses, des traitements anti-douleurs de niveau 2 de l’OMS (paracétamol avec de la codéine ou du tramadol), voire de niveau 3 (morphine) et surtout des anti-inflammatoires non-stéroïdiens (AINS).
Ces traitements n’ont aucun effet préventif sur la survenue d’une évolution chronique qui semble variable en fonction des épidémies. Il n’en est pas de même de la corticothérapie qui semble avoir le potentiel de favoriser la réplication du virus lorsqu’elle est administrée à forte dose et à la phase aiguë et donc la chronicisation. Elle ne sera donc utilisée qu’en cas d’échec des AINS, à une dose de moins de 10 milligrammes par jour et pour une durée limitée : 5 jours, avec une décroissance rapide sur 5 jours, et en tout cas moins de 4 semaines.
Il n’existe pas de traitement antiviral spécifique pour le moment, mais la recherche travaille sur des vaccins d’une part, et sur des systèmes de blocage de la réplication du virus dans la cellule ou le blocage de son entrée dans la cellule.
Différentes douleurs musculaires ou articulaires peuvent récidiver ou se chroniciser dans environ 4 cas sur 10 (15 à 70 % des cas selon les différentes épidémies).
Dans certains cas, il s’agit d’exacerbations de douleurs articulaires chroniques qui préexistaient à l’infection (arthrose) ou de douleurs diffuses de type fibromyalgie. Une prise en charge spécialisée en rhumatologie est nécessaire.
Dans d’autres cas, il s’agit de polyarthrites ou polyarthralgies chroniques vraies, sans anticorps spécifiques évocateurs d’une polyarthrite rhumatoïde (facteur rhumatoïde et anticorps antiCCP), ou d’une spondylarthrite (polyarthrite séronégative).
Dans ce cas de figure, un avis rhumatologique est cependant nécessaire pour éviter un retard de la prise en charge d’une maladie rhumatologique auto-immune avec apparition retardée des anticorps spécifiques, qui peut se déclarer fortuitement et dont la prise en charge précoce est nécessaire pour en éviter les complications.
En cas de persistance des douleurs articulaires sans diagnostic autre, il est possible de discuter avec le rhumatologue d’un traitement de fond rhumatologique, type méthotrexate, voire même d’une biothérapie.
Dans les formes chroniques, où il n’y a plus de réplication du virus, la corticothérapie peut être utilisée mais ne peut pas résumer le traitement en raison de ses complications propres, même à doses modérées. Des infiltrations intra-articulaires de corticoïdes peuvent s’avérer nécessaires si quelques arthrites sont particulièrement douloureuses.
La prévention de cette infection est à la fois collective et individuelle, reposant sur la « lutte anti-vectorielle », c’est-à-dire la lutte contre les moustiques et les piqûres de moustique. La particularité dans ce cas est que les moustiques du genre Aedes piquent également dans la journée (surtout le matin et la soir), et pas uniquement la nuit.
A l’échelle individuelle, il s’agit donc de limiter sa propre exposition au moustique infecté, en portant des vêtements longs couvrant le corps au maximum, en appliquant des répulsifs sur les parties exposées, et en mettant régulièrement des insecticides sur les vêtements et les moustiquaires.
Les répulsifs doivent contenir du DEET (N, N-diéthyl-3-méthylbenzamide), de l'IR3535 (esther éthylique de l'acide 3-[N-acétyl-N-butyl]-aminopropionique) ou de l'icaridine (1-piperidinecarboxylic acid, 2-(2-hydroxyethyl)-1-méthylpropylester).
Pour les personnes qui dorment pendant la journée, en particulier les jeunes enfants ou les personnes malades ou âgées, les moustiquaires imprégnées d'insecticide assurent une bonne protection.
Les spirales anti-moustiques ou d'autres vaporisateurs d'insecticide peuvent aussi réduire les piqures à l'intérieur des bâtiments.
Collectivement, une lutte anti-vectorielle à large échelle consiste en des épandages d’insecticide sur instruction des autorités sanitaires et une élimination des gîtes larvaires potentiels, particulièrement autour des habitations (eau stagnante dans les pots de fleur, récipients divers, pneus usagés, déchets encombrants...).