La prise en charge initiale doit être réalisée en urgence : tout doit être fait pour que le patient puisse avoir le plus rapidement possible une ponction articulaire pour analyse du liquide synovial et un lavage articulaire : ce lavage articulaire (par ponction ou par drainage chirurgical) est le principal facteur pronostique articulaire.
Il faut procéder au drainage du liquide purulent accumulé dans la ou les articulations atteintes afin de les laver. En général, on ponctionne l’articulation à l’aide d’une aiguille montée sur une seringue qui permet dans un premier temps de prélever un échantillon de liquide articulaire aux fins d’analyse (« ponction articulaire »), puis d’injecter et de ré-aspirer des seringues de sérum physiologique (« lavage articulaire »), mais il peut être nécessaire de faire un lavage chirurgical. Il faut parfois ponctionner la même articulation à plusieurs reprises si du liquide continue de s'y accumuler.
L'antibiothérapie ne doit être débutée qu'après réalisation des prélèvements articulaires (sauf en cas de sepsis sévère, où ils seront débutés après la réalisation des hémocultures si la ponction articulaire ne peut pas être réalisée pour des raisons techniques). Le traitement antibiotique de l’arthrite septique se base sur une antibiothérapie précoce (mais après les prélèvements bactériologiques), à forte dose (« bactéricide »), par voie intraveineuse et adaptée d’emblée ou à adapter secondairement à la bactérie identifiée par les prélèvements et les cultures. L’antibiothérapie doit être bactéricide pour la bactérie mise en évidence et à posologie élevée en cas d'utilisation d'une β-lactamines ou d'un glycopeptide pour obtenir une bonne diffusion osseuse. Un relais par voie orale peut être réalisé au bout de 2 semaines, généralement après obtention de la disparition de la fièvre (« apyrexie ») et régression de l’inflammation locale et sera poursuivi au moins 2 semaines si tout va bien, 4 à 6 si les symptômes ne régressent que lentement et chez la personne immunodéprimée.
L’antibiothérapie initiale peut n’être que basée sur les probabilités (« probabiliste ») ou si le germe est identifié au direct. Après une infiltration articulaire ou une intervention chirurgicale, les germes les plus fréquents sont Staphylococcus aureus et un streptocoque ou un Bacille gram négatif. En cas de diabète, ce sont surtout Staphylococcus aureus ou un Bacille gram négatif. En cas d’infection urinaire, on évoquera un Bacille gram négatif ou un gonocoque. Chez le toxicomane, il s’agit de Staphylococcus aureus ou de Pseudomonas aeruginosa.
En cas de Staphylocoque supposé méti-sensible, sera débuté un traitement par Pénicilline M ou céphalosporine de première génération. Si le Staphylocoque est probablement méti-résistant, il faut commencer par de la vancomycine ou de la teicoplanine. En cas de Streptocoque, c’est l’amoxicilline qui sera choisie en premier et s’il s’agit d’un Entérocoque, on associera de la gentamycine….
La mise au repos de l'articulation est nécessaire pour la protéger (en particulier mise en décharge sans appui sur 2 cannes pour une articulation du membre inférieur) mais l'immobilisation stricte par une attelle (« orthèse ») doit être évitée, en dehors de la phase initiale, en raison du risque d'enraidissement secondaire de l’articulation.
La rééducation douce, voire sans mouvement articulaire (« isométrique »), sera débutée dès l'amélioration des douleurs et des signes locaux, avec remise en charge progressive secondaire.
La prévention des complications thromboemboliques est systématique tant que le malade est alité (membres inférieurs).
A la phase initiale de l’arthrite, la chirurgie n'est pas systématique, en dehors de lavages articulaires sous arthroscopie lorsque le liquide est très purulent (pas de consensus).
En cas d'évolution défavorable de l’arthrite et de l’infection générale sous antibiothérapie adaptée, l’ouverture de l’articulation (« arthrotomie »), l’exérèse de la membrane synoviale articulaire (« synovectomie chirurgicale ») avec lavage articulaire associé doit être proposée à partir du 8e jour ou en cas de prise en charge tardive avec tableau d'ostéomyélite ou d'abcès déjà installé.
À distance de l'infection, en cas de séquelle articulaire avec atteinte fonctionnelle invalidante, la mise en place d’une prothèse ou une arthrodèse peuvent être proposées en fonction des articulations.