Le traitement dépend des zones atteintes. Dans la très grande majorité des cas, le traitement est local, c'est-à-dire par application d'un produit directement sur les lésions (« traitement topique »).
L'objectif du traitement est de réduire la production de sébum, l'inflammation et la prolifération de la levure Malassezia furfur.
La base du traitement est l’utilisation d’un « azolé topique », d’abord un traitement d’attaque deux fois par semaine pendant quatre semaines, suivi d’un traitement d’entretien une fois par semaine puis une fois toutes les deux semaines, qui réduit de beaucoup les risques de rechutes.
En cas d'atteinte du cuir chevelu, des shampoings sont utilisés. Pour les lésions du visage, une lotion doit être appliquée. Les traitements antifongiques, c'est-à-dire contre les levures, les plus fréquemment utilisés sont le kétoconazole et la ciclopirox olamine. Le traitement dure environ deux semaines.
Dans de plus rares cas, dans les formes étendues et graves, des corticoïdes peuvent être prescrits. Pour améliorer l'efficacité du traitement et limiter les récidives, il est impératif d'utiliser au quotidien une solution lavante douce pour l'hygiène des zones atteintes.
La dermite séborrhéique est une maladie chronique évoluant par poussées dont on ne guérit pas après traitement, mais les symptômes ont tendance à disparaître le plus souvent vers l'âge de 40 ans. Le but des traitements est donc la rémission plutôt que la guérison et des traitements réguliers sont nécessaires régulièrement.