La prise en charge du SOPK est uniquement symptomatique. Il n'y a pas de traitement pour guérir le SOPK mais de nombreuses possibilités existent pour prendre en charge les symptômes et complications de la maladie.
La prise en charge s'effectue sur une longue durée avec l'intervention de plusieurs médecins (endocrinologue, nutritionniste etc...). Compte tenu des risques du SOPK sur la santé cardiovasculaire, l'hygiène de vie est un point important de la prise en charge. En cas de surpoids, une prise en charge par une diététicienne permettra de perdre du poids et réduire le risque de survenue de maladies cardio-métaboliques telles que diabète ou hypertension artérielle.
Des traitements médicamenteux dont un certain type de pilule contraceptive, peuvent être prescrits pour réduire la chute de cheveux, la pilosité ou l'acné. En cas d'infertilité, plusieurs solutions peuvent être proposées : médicaments, injections, chirurgie ovarienne ou encore procréation médicalement assistée.
Des recherches sont en cours pour explorer les causes du SOPK, pour pouvoir ensuite traiter la pathologie à la source. Cela permettrait d'éviter toutes les complications et ne pas seulement prendre en charge chaque symptôme séparément.
Des chercheurs travaillent actuellement sur des médicaments nouvelle génération pour normaliser le taux de l'hormone anti-mullérienne (AMH). Cette hormone est sécrétée par les ovaires et est surproduite en cas de SOPK, ce qui entraînerait d'après de récentes recherches une surexcitation des neurones au niveau du cerveau à l'origine des symptômes. Plusieurs pistes de traitement nouvelle génération sont à l'étude dans ce domaine.