Bien que sensible in vitro aux antibiotiques type pénicilline (« ß-lactamines »), ceux-ci ne peuvent pas être utilisés pour traiter les bartonelloses en raison de leur mauvaise pénétration intracellulaire, à l'exception de la ceftriaxone.
Il n'y a pas actuellement de consensus sur la thérapeutique des infections à Bartonella henselae et quintana.
• Maladie des griffes du chat : Le traitement a peu d'influence sur l'évolution du gros ganglions (« adénopathie ») sauf si celui-ci est mis en route très précocement.
Les macrolides et les fluoroquinolones, qui pénètrent bien dans les cellules, sont les traitements usuels et seront prescrits pour deux semaines.
La ponction d’un très gros ganglion, voire sa « mise à plat » chirurgicale, sont parfois nécessaires.
Le pronostic est bon chez les patients immunocompétents, avec une résolution spontanée dans 90 % des cas, une antibiothérapie n’étant nécessaire qu’en cas d'immunodépression, ainsi que dans les formes neurologiques et cardiaques.
• Angiomatose bacillaire : Macrolides, tétracyclines, fluoroquinolones et rifampicine sont efficaces.
Le traitement doit être au moins d'un mois.
Des rechutes nécessitent parfois la reprise du traitement.
• Endocardite : Le traitement proposé repose sur la prescription d'une association de ceftriaxone et de gentamicine pendant deux semaines, suivi d'un relais par tétracycline pendant un mois.
• Il n’y a aucun consensus non plus pour le traitement des douleurs persistantes diffuses et polymorphes après morsure de tique, en l’absence d’étude bactériologique et épidémiologique sérieuse.
Il est simplement possible de remarquer que certains cas ont été soulagés après traitement par ceftriaxone, antibiotique de la classe des ß-lactamines, mais qui est efficace, tant sur les Borellia extracellulaires, que en intracellulaire sur le Bartonella connues.