Il n'y a pas de vaccin contre les bartonelloses et la prévention repose sur le déparasitage contre les puces du chat et les poux de l'homme.
Il faut éviter d’exciter les chats pour ne pas subir leurs griffures ou leurs morsures. Il faut éviter de laisser ses plaies être léchées par les chats et il vaut mieux se nettoyer les mains à l'eau et au savon après avoir manipulé un chat que l’on ne connaît pas.
En cas de morsures ou de griffures, il faut désinfecter les plaies.
En cas de morsures de tiques, il n’y a pas actuellement de recommandations en l’absence d’étude épidémiologique. Il faut rester attentif à tout signe d’infection (fièvre, éruption cutanée, ganglions, douleurs…) et discuter au cas par cas de l’opportunité d’un traitement actif sur les bactéries intracellulaires du genre Bartonella, autant que celles, extracellulaires, du genre Borellia.