Quels sont les signes ?

Dans la majorité des cas, la gastroentérite se manifeste par une diarrhée aiguë d'apparition brutale en contexte épidémique. 
Cette diarrhée se caractérise par une augmentation soudaine de la fréquence des selles (plus de trois selles en 24 heures) et de leur consistance (molles ou liquides). La diarrhée peut s'accompagner de nausées et/ou de vomissements, de douleurs abdominales (crampes), d'une fièvre modérée et, parfois, de sang dans les selles.

Comment faire le diagnostic ?

Lorsqu'un avis médical est nécessaire, le médecin traitant interroge le malade sur la fréquence, la consistance et le volume des selles et procède à un examen général pour vérifier l'absence de déshydratation. C’est la survenue d’une diarrhée aiguë associée aux signes usuels en contexte épidémique qui suffira pour porter le diagnostic.
Un examen bactériologique des selles est rarement utile, mais il sera demandé en cas de présence de sang dans les selles, de diarrhée sévère ou persistante, si une épidémie est suspectée ou si le malade revient d'un pays tropical.
Lors d’une diarrhée aiguë survenant lors de la prise d’un antibiotique et si une diarrhée à Clostridium difficile est suspectée par le médecin, une endoscopie intestinale pourra être demandée.

Comment faire la différence ?

La gastroentérite est à différencier d’une toxi-infection alimentaire où la diarrhée liquide est brutale et s’accompagne de douleurs abdominales, de vomissements, rarement de fièvre, et, très rarement, d’un état de choc. L'évolution est le plus souvent bénigne et spontanément résolutive en quelques jours.
L'allergie alimentaire est un autre diagnostic différent de la gastroentérite. La diarrhée aiguë survient lors de la prise de l'aliment en cause et peut s’accompagner de signes allergiques (démangeaisons, urticaire, crise d’asthme, rhinite allergique…). Le traitement repose sur l'éviction de l'aliment.
Une diarrhée qui survient sous antibiotique n’est pas une gastroentérite. Il faut consulter en cas de diarrhée abondante qui retentit sur l'état général. La crainte est alors qu’il s’agisse d’une colite pseudomembraneuse, qui est la forme la plus sévère d'infection liée à la bactérie Clostridium difficile. Son diagnostic repose sur la mise en évidence du micro-organisme en excès et de ses toxines dans les selles et/ou sur la mise en évidence de pseudomembranes lors d'une coloscopie.
La gastroentérite ne doit pas non plus être confondue avec un syndrome dysentérique. Celui-ci est défini par des évacuations glaireuses et sanglantes qui peuvent ne pas contenir de matières fécales. Ces évacuations s’accompagnent habituellement de douleurs abdominales à type de coliques s'achevant par une fausse envie pressante et impérieuse d’aller à la selle (« épreintes ») et d’une sensation de brûlure anale avec envie constante d’aller à la selle (« ténesme »).

La diarrhée des voyageurs ou turista  

Un voyageur sur trois environ sortant de son pays et voyageant généralement dans un pays où l’hygiène n’est pas aux normes occidentales, fait un épisode diarrhéique. Cette diarrhée aiguë est le plus souvent sans gravité et de durée brève (24 à 48 heures), mais elle peut l’obliger à garder le lit ou même à modifier son voyage (30 % des cas).
La turista est essentiellement liée à une infection digestive par certaines souches d'Escherichia coli, qui provoquent une diarrhée en raison des « entérotoxines » qu’elles sécrètent, ou de Shigella dysenteriae. Ces germes sont sensibles aux médicaments qui sont généralement prescrits dans ces circonstances comme le triméthoprime-sulfaméthoxazole ou les fluoroquinolones.
Les salmonelles non typhiques, les clostridies, les lambliases, les virus ou les amibes sont parfois en cause.