Comme toutes les infections sexuellement transmissibles, la prévention de la gonorrhée repose sur l’utilisation systématique de préservatifs (même pour la fellation), afin d’éviter d’avoir du sperme au contact des muqueuses : dans la bouche, dans le vagin ou dans le rectum.
D’autre part, en cas de démangeaisons ou de brûlures génito-urinaires, il faut consulter immédiatement un médecin.
En cas de diagnostic positif, tous les partenaires sexuels doivent se faire examiner et traiter le cas échéant.
Il est conseillé aux femmes enceintes présentant un risque accru d'infection de se faire examiner avant d'accoucher et, si nécessaire, de suivre un traitement. Les nouveau-nés de mère infectée reçoivent à titre préventif des gouttes pour les yeux contre les bactéries responsables de la maladie (collyre antibiotique ou au nitrate d'argent à la naissance).
Chez l’adulte, il faut éviter de se toucher les yeux après avoir touché des organes sexuels possiblement contaminés.
Toute personne ayant de nombreux partenaires sexuels (plus de 5 par an) devrait se faire dépister pour les infections sexuellement transmissibles une fois par an.
Il n’existe pas de vaccin contre la gonorrhée, mais il existe un vaccin contre l’hépatite B ou le HPV, qui sont d’autres infections sexuellement transmissibles.